- Thành lập Sở Tài chính trên cơ sở hợp nhất Sở Kế hoạch và Đầu tư và Sở Tài chính.
- Thành lập Sở Nội vụ trên cơ sở hợp nhất Sở Lao động – Thương binh và Xã hội Sở Nội vụ; chuyển nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về giảm nghèo sang Sở Nông nghiệp và Môi trường; chuyển chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về bảo trợ xã hội, trẻ em, phòng, chống tệ nạn xã hội sang Sở Y tế; chuyển chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về giáo dục nghề nghiệp sang Sở Giáo dục và Đào tạo; chuyển chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về cai nghiệp ma túy và quản lý sau cai nghiệp ma túy sang Công an tỉnh; chuyển chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về tôn giáo, tín ngưỡng sang Sở Dân tộc và Tôn giáo.
- Thành lập Sở Xây dựng trên cơ sở hợp nhất Sở Giao thông vận tải và Sở Xây dựng; chuyển nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nước về sát hạch, cấp Giấy phép lái xe cơ giới đường bộ sang Công an tỉnh.
- Thành lập Sở Khoa học và Công nghệ trên cơ sở hợp nhất Sở Thông tin và Truyền thông và Sở Khoa học và Công nghệ; chuyển chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về báo chí, xuất bản sang Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch; chuyển nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về an toàn, an ninh thông tin mạng Công an tỉnh.
- Thành lập Sở Nông nghiệp và Môi trường trên cơ sở hợp nhất Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Sở Tài nguyên và Môi trường; tiếp nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về giảm nghèo.
- Thành lập Sở Dân tộc và Tôn giáo trên cơ sở Ban Dân tộc tiếp nhận thêm chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND quản lý nhà nước về tôn giao, tín ngưỡng.
- Tổ chức lại Sở Giáo dục và Đào tạo trên cơ sở tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về giáo dục và nghề nghiệp.
- Tổ chức lại Sở Y tế trên cơ sở tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND quản lý nhà nước về bảo trợ xã hội, trẻ em, phòng, chống tệ nạn xã hội.
- Tổ chức lại Sở Văn hóa, Thế thao và Du lịch trên cơ sở tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ tham mưu giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về báo chí, xuất bản.
- Tổ chức lại Sở Tư pháp sau khi chuyển nhiệm vụ tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về lý lịch tư pháp và thực hiện dịch vụ công cấp Phiếu lý lịch tư pháp sang Công an tỉnh.
- Tổ chức lại Sở Công thương trên cơ sở tiếp nhận nguyên trạng Cục Quản lý thị trường Phú Thọ thuộc Bộ Công thương.
Các cơ quan chuyên môn được thành lập, tổ chức lại đi vào hoạt động kể từ ngày 01/2/2025. Đối với các chức năng, nhiệm vụ được điều chuyển, tiếp nhận mới thực hiện theo quy định của cơ quan có thẩm quyền./.